Generalnie Żydom nie wolno było osiedlać się w sa­mym Chełmnie. Laudum Ziem Pruskich z 1616 r. za­bra­nia­ło im przebywania na terenie trzech wo­je­wództw pruskich, tj. malborskiego, chełmińskiego i pomorskiego. Mogli jedynie przybywać na jarmarki. Niektórzy, chcąc osiąść na stałe i uzyskać statut obywatela, stawali się neofitami, tzn. przyjmowali wiarę katolicką. Chrzty Ży­dów odbywały się często bardzo uroczyście. Wielu takich chrztów udzielili Księża Misjonarze w chełmińskim koś­cie­le farnym. Jak wspomina kronika, jeden z nich odbył się w Święto Wniebowzięcia NMP w 1700 r. Wówczas oo. Misjonarz ochrzcił 30-letniego Żyda, “którego ks. biskup Potocki kazał przyjąć do miasta i do cechu kuśnierzy, ponieważ był tej profesji, i tak stał się on obywatelem miasta”.

Wzmożony napływ ludności wyznania mojżeszowego nastąpił w XIX w., kiedy to uciekając z Rosji przed po­gro­ma­mi i nietolerancją Żydzi znaleźli tu schronienie. Wie­lu osiadło na stałe. Powiększająca się gmina ży­dow­ska doprowadziła do wzniesienia w 1842 r. domu modlitwy — synagogi przy ul. Poprzecznej, a miejscem pochówku stał się cmentarz — kirkut przy obecnej ul. Powstańców Wielkopolskich.

Ważną rolę w życiu społeczności żydowskiej odgrywało Królewskie Katolickie Gimnazjum Męskie w Chełmnie — szkoła, która zasłynęła na Pomorzu z wysokiego poziomu nauczania. Dowodem tego było wielu wybitnych abi­tu­rien­tów — zarówno Polaków, Niemców jak i Żydów. Gim­naz­jum dawało możliwość kształcenia i uzyskania świa­dec­twa dojrzałości, co było podstawą do po­dej­mo­wa­nia studiów. Choć nazwa szkoły sugeruje, iż uczęszczali tu jedynie uczniowie wyznania katolickiego to w rze­czy­wis­toś­ci tak nie było. Na równych prawach uczyły się tu dzieci i młodzież wyznań katolickiego, ewangelickiego, mojżeszowego oraz menonici.

Uczniowie pochodzenia żydowskiego wywodzili się przede wszystkim z rodzin kupieckich zarówno z  Chełm­na jak  i innych miast, m.in. Inowrocławia, Fordonu, Świecia, Wąbrzeźna. Wielu z nich nie odbywało pełnego cyklu kształcenia, a ci którzy kończyli szkołę uzyskując świadectwo dojrzałości, wybierali kierunki medyczne i prawnicze. Wykładowcami w tej szkole byli także cheł­mińs­cy ra­bi­ni, tacy jak dr Moritz Salzberger oraz dr Moritz Guttmann. Z wychowanków pochodzenia ży­dows­kie­go, którzy opuścili mury gimnazjum zasłynął m.in. krytyk i pisarz publikujący pod pseudonimem Anselm Ruest, który jako Ernst Samuel ukończył gim­naz­jum w 1896 r.  

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości wielu Żydów opuściło Chełmno. Pozostali nieliczni, których w 1921 r. było zaledwie 49. Okres międzywojenny nie był czasem sprzyjającym wzajemnym kontaktom, a pewną niechęć daje się zauważyć w miejscowej prasie.

Wybuch II wojny światowej definitywnie zmienił los członków społeczności żydowskiej. Większość zginęła w masowych egzekucjach w Klamrach. Tylko nie­licz­nym udało się ocalić życie. Z powierzchni ziemi zniknęła też synagoga wysadzona w powietrze przez Niemców w 1939 r. i cmentarz. W miejscu synagogi stanęły ga­ra­że, a cmentarz wykorzystano jako plac pod bu­do­wę blo­ków mieszkalnych. Obecnie podjęto starania o upa­mięt­nie­nie miejsca wiecznego spoczynku członków cheł­mińs­kiej gminy żydowskiej, którzy zmarli i zostali tu po­cho­wa­ni do 1939 r.